聖普的醫療服務覆蓋群島全境，醫療系統分為三級。第一級為社區級，由21個社區醫療中心和32個衛生站組成；第二級是地區級，這是初級衛生保健的基礎，由6個衛生中心組成，包括普林西比岛的地區醫院（Dr. Manuel Quaresma Dias da Graça醫院）；第三級是中央醫院（Dr. Ayres de Menezes醫院），這是國家級醫院，集第二級和第三級醫療服務於一體。

中央醫院、普林西比岛的地區醫院、地區保健中心和保健站網路以及遍佈全國的社區衛生站保證了醫療服務的覆蓋面。基礎設施的數量足以保證醫療服務的可及性，但仍需改善交通路線和交通手段，提高每個醫療單位提供的醫療服務品質，包括基礎設施的品質和診斷手段、基本藥物和訓練有素的衛生專業人員的可用性。

大多數保健中心的基礎設施陳舊，在水電供應、設備維護和廢物處理方面存在嚴重缺陷，影響了醫療服務的運作和能力。醫療中心沒有按照《國家衛生政策》的規定，以為所有必須提供的服務提供足夠空間的標準化計劃來建造設施。造成這種情況的主要原因是衛生方面的資金不足。這對醫療品質（包括安全、保密、尊嚴和隱私）和醫療專業人員的工作條件造成了明顯的負面影響。而且第一級和第二級醫療服務缺乏足夠的合格人力資源以及適當的設備和消耗品，導致病人過多地、無序地湧入中央醫院，這嚴重影響了所提供服務的品質。

根據《2021年衛生統計年鑒》的數據，全國共有1441名衛生專業人員。國家衛生服務機構由107名醫生、397名護士、285名診斷和治療技術人員、164名行政人員和321名醫療助理組成。在醫生這一專業群體中，有33名專科醫生，其中23名是本國國民，另有10名外國人。根據與一些國家簽訂的夥伴關係和雙邊合作協議，衛生專業人員，特別是專科醫生的提供彌補了人力資源的不足，這有助於滿足醫療系統的需求，但也加劇了該國對外國援助的依賴。

關於衛生人力資源，更具體地說是醫生和護士，最新數據顯示，每1000名居民有0.5名醫生、1.88名護士。儘管這些數字優於非洲的平均水準，但是醫生和護士/1000名居民的比例低於世衛組織建議的數值，而且這些數字低於提供基本醫療服務和實現全民醫保所需的每千名居民4.45名醫療專業人員的密度閾值，不足以滿足實現全民醫保所需的干預量。

目前，聖普的衛生事業主要面臨以下兩個困難：（1）聖多美和普林西比的醫院和保健中心一直面臨藥品短缺的問題。政府在一份聲明中承認藥品短缺，並強調這種情況是由於缺乏財政資源造成的，自從國際夥伴停止支持該國獲取藥品以來，這種情況進一步惡化。（2）衛生機構不具備救治病人的條件，缺乏專家和診斷手段。由於技術實驗室和成像資源的限制，以及專家的缺乏，使醫療機構難以做出決策並為患者提供最合適的治療。

為了加速衛生事業的發展，聖多美和普林西比制定了一項新的國家衛生政策，即《2023-2033國家衛生發展計劃》。該框架文件為該國提供了加快衛生系統進步的路線圖，並承諾到2030年實現全民醫保，重點是各級醫療保健的可用性、品質、公平性和可持續性。2023年7月，世界衛生組織和聖普啟動2023-2027年戰略合作，資助超過1000萬美元，確定了未來五年的五個優先干預領域：（1）調整地區一級的保健方針，加強初級保健，以實現全民保健；（2）加強《國際衛生條例》所要求的能力以及對緊急情況的預防、準備和應對；（3）在所有政策中促進全民保健，改善人民的健康和福祉；（4）制定可持續的衛生籌資戰略；以及（5）培養衛生人才。該戰略合作致力於幫助聖普實現《2023-2032國家衛生發展計劃》中確定的國家目標，以在2030年實現全民醫保以及衛生健康的可持續發展。

2023-2027年世衛組織與聖多美和普林西比ECP的優先事項。